જૌહર ટ્રસ્ટની નોંધણી રદ કરતી વખતે, આવકવેરા વિભાગે તેના અહેવાલમાં ઘણી અનિયમિતતાઓનો ઉલ્લેખ કર્યો હતો. ૧૪૭ પાનાના તપાસ અહેવાલ મુજબ, જૌહર ટ્રસ્ટના નવ સભ્યોમાંથી પાંચ આઝમ ખાનના પરિવારના છે, અને ચાર નામાંકિત છે. આ પરિવાર ટ્રસ્ટનું નિયંત્રણ કરે છે. તપાસ દરમિયાન, સરકારી કોન્ટ્રાક્ટરોએ પણ સ્વીકાર્યું કે તેમણે જૌહર યુનિવર્સિટીના નિર્માણમાં સરકારી પ્રોજેક્ટ્‌સ માટે મળેલા ભંડોળના ૩૦ થી ૪૦ ટકા રોકાણ કર્યું હતું.
આવકવેરા વિભાગ, લખનૌના પ્રિન્સીપાલ કમિશનર (સેન્ટ્રલ) ગૌરવ બોથમના અહેવાલ મુજબ, આવકવેરા વિભાગની તપાસમાં બહાર આવ્યું છે કે જૌહર ટ્રસ્ટ મોહમ્મદ આઝમ ખાન અને તેમના પરિવારના સભ્યો દ્વારા નિયંત્રિત હતું. એક ટ્રસ્ટી, ચૌધરી શહરયાર સલીમે ૧૩ સપ્ટેમ્બર, ૨૦૨૩ ના રોજ કરવામાં આવેલા દરોડા દરમિયાન નામાંકિત ટ્રસ્ટી હોવાનું સ્વીકાર્યું હતું.
તપાસમાં કરોડો રૂપિયાના સરકારી ભંડોળનો દુરુપયોગ પણ બહાર આવ્યો હતો. જિલ્લા મૂલ્યાંકન અધિકારીના અહેવાલ મુજબ, યુનિવર્સિટી કેમ્પસમાં ૫૯ ઇમારતોના બાંધકામનો ખર્ચ ૪૯૪.૪૬ કરોડ હોવાનો અંદાજ હતો. આ રકમ ટ્રસ્ટના હિસાબોમાં પ્રતિબિંબિત થઈ ન હતી.
તપાસમાં જાણવા મળ્યું કે ઘણા વ્યક્તિઓ ફક્ત નામના ટ્રસ્ટી હતા. તેમાંથી, ચૌધરી શહરયાર સલીમે તેમના નિવેદનમાં જણાવ્યું હતું કે તેઓ એક ડમી ટ્રસ્ટી હતા. તેમને જૌહર યુનિવર્સિટીના વાઇસ ચાન્સેલરની પસંદગી માટે એક મીટિંગમાં આમંત્રણ આપવામાં આવ્યું હતું અને તેમને ફક્ત સહી સાથે મોકલી દેવામાં આવ્યા હતા. ટ્રસ્ટનું નિયંત્રણ અને સંચાલન આઝમ ખાન અને તેમના પરિવારના સભ્યો દ્વારા કરવામાં આવે છે. એવું પણ બહાર આવ્યું છે કે રામપુરમાં ઘણી ખાનગી બાંધકામ કંપનીઓને વિવિધ સરકારી કોન્ટ્રાક્ટ આપવામાં આવ્યા હતા અને ત્યારબાદ ટ્રસ્ટની મિલકતો બનાવવા માટે તેનો ઉપયોગ કરવામાં આવ્યો હતો. જૌહર એસોસિએટ્‌સ અને સીકે એસોસિએટ્‌સે સરકારી કોન્ટ્રાક્ટ દ્વારા પ્રાપ્ત થયેલા આશરે ૮૬ કરોડના સરકારી ભંડોળનો દુરુપયોગ કર્યો હતો. આ માટે કોઈ હિસાબ રાખવામાં આવ્યો ન હતો.
આવકવેરાની તપાસમાં બહાર આવ્યું છે કે જૌહર ટ્રસ્ટે એવા વ્યક્તિઓ પાસેથી દાન મેળવ્યા હોવાનો દાવો કર્યો હતો જેમની શોધ થઈ નથી. આમાં લખનૌના પિરામિડ કન્સ્ટ્રક્શન એન્ડ સપ્લાયર્સ, મુરાદાબાદના સલાર ઓવરસીઝ લિમિટેડ, દિલ્હીના એઆર એજ્યુકેશન ટ્રસ્ટ, નોઈડાના અર્થ ઇન્ફ્રાટેક, દિલ્હીના રેમિગેટ ઇન્ફ્રા ડેવલપર્સ, રોયલ એમ્પોરિયા ફ્રા ટેક, મુરાદાબાદના ફૈઝા પરવીન, બહરાઇચના મોહમ્મદ હસીબ, રોબોટ વિનિમય પ્રાઇવેટ લિમિટેડ, વન્ડર સપ્લાયર્સ પ્રાઇવેટ લિમિટેડ અને ડ્રીમ ઓફ પર્લ રિયલ્ટી એન્ડ સર્વિસીસ પ્રાઇવેટ લિમિટેડનો સમાવેશ થાય છે.
ટ્રસ્ટ પર રાજકીય પ્રવૃત્તિઓ માટે કેમ્પસનો ઉપયોગ કરવાનો પણ આરોપ છે. ટ્રસ્ટના આસિસ્ટન્ટ ફાઇનાન્સ ઓફિસર પરવેઝ મિયાંએ સ્વીકાર્યું કે મિલકતનો એક ભાગ સમાજવાદી પાર્ટી માટે ઓફિસ તરીકે ઉપયોગમાં લેવાતો હતો. ટ્રસ્ટે આ મિલકત માટે કોઈ ભાડું વસૂલ્યું ન હતું, જેના પરિણામે આવકનું નુકસાન થયું હતું. ટ્રસ્ટે શૈક્ષણિક હેતુઓ માટે ફાળવવામાં આવેલી જમીન પર એક મસ્જિદ પણ બનાવી હતી, જે શરતોનું ઉલ્લંઘન છે. તપાસમાં બહાર આવ્યું કે જાહર ટ્રસ્ટે ૧૧ અસ્તિત્વમાં ન હોય તેવી સંસ્થાઓ પાસેથી દાન લીધું હતું. ટ્રસ્ટના ખાતાઓમાં ઘણી બિન-અસ્તિત્વમાં રહેલી સંસ્થાઓ તરફથી દાન દર્શાવવામાં આવ્યું હતું, જેને બિનઆયોજિત આવકને કાયદેસર બનાવવાનો પ્રયાસ માનવામાં આવતો હતો. તપાસ દરમિયાન આવકવેરા વિભાગને આ સંસ્થાઓ મળી ન હતી.