બોમ્બે હાઈકોર્ટે ૨૦૦૬ના માલેગાંવ બોમ્બ બ્લાસ્ટ કેસમાં એક મહત્વપૂર્ણ ચુકાદો આપ્યો છે, જેમાં ચાર આરોપીઓને નિર્દોષ જાહેર કર્યા છે. કોર્ટે તપાસ પર ગંભીર ટિપ્પણી કરતા કહ્યું કે કેસ હવે અંતિમ તબક્કામાં પહોંચી ગયો છે, એટલે કે સત્ય સુધી પહોંચવું મુશ્કેલ લાગે છે. કોર્ટે એમ પણ કહ્યું કે તપાસ એજન્સીઓની વિરોધાભાસી વાર્તાઓએ સમગ્ર કેસને જટિલ બનાવ્યો છે.
હાઇકોર્ટે રાજેન્દ્ર ચૌધરી, ધન સિંહ, મનોહર રામ સિંહ નરવરિયા અને લોકેશ શર્માને રાહત આપતા કહ્યું કે તેમની સામે કાર્યવાહી કરવા માટે પૂરતા પુરાવા નથી. કોર્ટે સપ્ટેમ્બર ૨૦૨૫ માં વિશેષ અદાલત દ્વારા ઘડવામાં આવેલા આરોપોને રદ કર્યા. કોર્ટે જણાવ્યું હતું કે વિશેષ અદાલતે આરોપો ઘડતી વખતે ઉપલબ્ધ પુરાવા અને વિરોધાભાસોને યોગ્ય રીતે ધ્યાનમાં લીધા નથી.
આ કેસ ૮ સપ્ટેમ્બર, ૨૦૦૬નો છે, જ્યારે માલેગાંવ શહેરમાં ચાર બોમ્બ વિસ્ફોટ થયા હતા. ત્રણ વિસ્ફોટ હમીદિયા મÂસ્જદ અને બડા કબ્રસ્તાન સંકુલમાં શુક્રવારની નમાજ પછી તરત જ થયા હતા, જ્યારે ચોથો વિસ્ફોટ મુશાવરત ચોકમાં થયો હતો. આ વિસ્ફોટોમાં ૩૧ લોકો માર્યા ગયા હતા અને ૩૧૨ લોકો ઘાયલ થયા હતા.
આ કેસની પ્રારંભિક તપાસ આતંકવાદ વિરોધી ટુકડી દ્વારા હાથ ધરવામાં આવી હતી. એટીએસએ દાવો કર્યો હતો કે કાવતરા પાછળ નવ મુસ્લિમ આરોપીઓનો હાથ હતો. એજન્સીએ ઘટનાસ્થળે એકત્રિત કરેલા પુરાવા,આરડીએકસના નિશાન અને અન્ય ફોરેન્સિક પુરાવાનો ઉલ્લેખ કર્યો હતો. કોર્ટે નોંધ્યું હતું કે એટીએસ દ્વારા એકત્રિત કરવામાં આવેલા માટીના નમૂનાઓ અને એક આરોપીના ગોદામમાંથી લેવામાં આવેલા નમૂનાઓમાં સમાન વિસ્ફોટક સામગ્રી હતી. પછી તપાસ રાષ્ટ્રીય તપાસ એજન્સીને સોંપવામાં આવી હતી. એનઆઇએએ એક સંપૂર્ણપણે અલગ વાર્તા રજૂ કરી હતી, જેમાં દાવો કરવામાં આવ્યો હતો કે વિસ્ફોટ પાછળ જમણેરી ઉગ્રવાદી તત્વોનો હાથ હતો. એજન્સીએ અગાઉ ધરપકડ કરાયેલા નવ મુસ્લિમ આરોપીઓને મુક્ત કર્યા હતા અને ચાર નવા આરોપીઓના નામ આપ્યા હતા.
એનઆઇએ ચાર્જશીટમાં સ્વામી અસીમાનંદના નિવેદનનો પણ ઉલ્લેખ કરવામાં આવ્યો છે, જેમાં કહેવામાં આવ્યું હતું કે વિસ્ફોટો સ્વર્ગસ્થ જમણેરી કાર્યકર્તા સુનીલ જાશીના સહયોગીઓ દ્વારા કરવામાં આવ્યા હતા. જાકે, અસીમાનંદે પાછળથી આ નિવેદન પાછું ખેંચી લીધું.
હાઈકોર્ટે જણાવ્યું હતું કે એટીએસ અને એનઆઇએ ચાર્જશીટ સંપૂર્ણપણે વિરોધાભાસી હતી અને બંને કથાઓનું સમાધાન થઈ શકતું નથી. કોર્ટે જણાવ્યું હતું કે અગાઉની તપાસ એજન્સીઓ,એટીએસ અને સીબીઆઇ દ્વારા એકત્રિત કરવામાં આવેલા પુરાવાઓને સંપૂર્ણપણે અવગણી શકાય નહીં. કોર્ટે એમ પણ કહ્યું હતું કે એનઆઇએ દ્વારા ચાર આરોપીઓ સામે રજૂ કરાયેલા પુરાવા મોટાભાગે સંજાગોવશાત્ હતા. કોઈ પણ પ્રત્યક્ષદર્શીએ આરોપીઓને વિસ્ફોટો કરતા જાયા નથી. કોર્ટે સાયકલની ખરીદી અંગે રજૂ કરાયેલા તથ્યોને સાંભળેલી વાત ગણાવી હતી.
કોર્ટે કડક ટિપ્પણી કરતા કહ્યું કે એનઆઇએએ આટલા ગંભીર કેસમાં નવા અને નક્કર પુરાવા એકત્રિત કરવાનો પ્રયાસ કેમ ન કર્યો તે રહસ્યમય છે. કોર્ટે જણાવ્યું હતું કે કોઈ પણ વ્યક્તિ પર ફક્ત પાછા ખેંચાયેલા નિવેદનો અને નબળા સંજાગોવશાત્ પુરાવાના આધારે હત્યા જેવા ગંભીર ગુનાનો આરોપ લગાવી શકાય નહીં.
આ કેસમાં નવ મુસ્લિમ આરોપીઓને ૨૦૧૬ માં એક ખાસ અદાલત દ્વારા નિર્દોષ જાહેર કરવામાં આવ્યા હતા.એટીએસએ તે નિર્ણયને હાઇકોર્ટમાં પડકાર્યો હતો, પરંતુ અપીલ ૨૦૧૯ થી પેન્ડિંગ છે. હાઇકોર્ટે ૨૦૧૯ માં ચાર વર્તમાન આરોપીઓને જામીન આપ્યા હતા, કારણ કે તેઓ છ વર્ષથી વધુ સમયથી ટ્રાયલ વિના જેલમાં હતા.