૨૦૦૮ના માલેગાંવ બોમ્બ વિસ્ફોટના પીડિતોના છ પરિવારોએ બોમ્બે હાઈકોર્ટમાં અરજી દાખલ કરી છે. તેમણે સ્પેશિયલ કોર્ટના નિર્ણયને પડકાર્યો છે જેમાં કેસના સાત આરોપીઓને નિર્દોષ જાહેર કરવામાં આવ્યા હતા. આ આરોપીઓમાં ભાજપના ભૂતપૂર્વ સાંસદ પ્રજ્ઞા સિંહ ઠાકુર અને લેફ્ટનન્ટ કર્નલ પ્રસાદ પુરોહિતનો પણ સમાવેશ થાય છે. નિસાર અહેમદ સૈયદ બિલાલ અને અન્ય પાંચ લોકોએ તેમના વકીલ મતીન શેખ દ્વારા હાઇકોર્ટમાં અપીલ કરી છે. તેમણે કોર્ટને વિનંતી કરી છે કે ખાસ અદાલત દ્વારા આપવામાં આવેલા નિર્ણયને રદ કરવામાં આવે.
મહારાષ્ટ્રની રાજધાની મુંબઈથી લગભગ ૨૦૦ કિમી દૂર નાસિક જિલ્લાના માલેગાંવ શહેરમાં ૨૯ સપ્ટેમ્બર ૨૦૦૮ ના રોજ એક મસ્જીદ પાસે મોટરસાઇકલ સાથે જોડાયેલ વિસ્ફોટક ઉપકરણ વિસ્ફોટ થયો હતો. આમાં છ લોકો માર્યા ગયા હતા અને ૧૦૧ અન્ય ઘાયલ થયા હતા. અરજદારોએ દાવો કર્યો હતો કે ૩૧ જુલાઈના રોજ સાત આરોપીઓને નિર્દોષ છોડી મૂકવાનો ખાસ એનઆઇએ કોર્ટનો આદેશ કાયદાની દ્રષ્ટિએ ખોટો અને ભૂલભરેલો છે, તેથી તેને રદ કરી શકાય છે.
કોર્ટે કહ્યું હતું કે માત્ર શંકા વાસ્તવિક પુરાવાને બદલી શકતી નથી. તેણે એમ પણ કહ્યું હતું કે કોઈ પુરાવાના અભાવે, આરોપીને શંકાનો લાભ મળવો જોઈએ. રાષ્ટ્રીય તપાસ એજન્સીના વિશેષ ન્યાયાધીશ એકે લાહોટીએ ચુકાદો વાંચતી વખતે કહ્યું હતું કે એકંદરે બધા પુરાવા આરોપીને દોષિત ઠેરવવા માટે વિશ્વસનીય નથી. દોષિત ઠેરવવા માટે કોઈ વિશ્વસનીય અને નક્કર પુરાવા નથી.
પ્રોસિક્યુશન પક્ષે દાવો કર્યો હતો કે બ્લાસ્ટ જમણેરી ઉગ્રવાદીઓ દ્વારા સ્થાનિક મુસ્લીમ સમુદાયને ભયભીત કરવાના ઈરાદાથી કરવામાં આવ્યો હતો.એનઆઇએએ દાવો કર્યો હતો કે આરોપીનો મુસ્લીમ સમુદાયના એક વર્ગને ભયભીત કરવાનો ઈરાદો હતો. દ્ગૈંછ કોર્ટે પોતાના ચુકાદામાં ફરિયાદ પક્ષના કેસ અને હાથ ધરાયેલી તપાસમાં અનેક ખામીઓ પર પ્રકાશ પાડ્યો હતો અને કહ્યું હતું કે આરોપીઓને શંકાનો લાભ આપવો જોઈએ. ઠાકુર અને પુરોહિત ઉપરાંત, આરોપીઓમાં મેજર રમેશ ઉપાધ્યાય (નિવૃત્ત), અજય રહીરકર, સુધાકર દ્વિવેદી, સુધાકર ચતુર્વેદી અને સમીર કુલકર્ણીનો સમાવેશ થાય છે.