શંકરાચાર્ય સદાનંદ સરસ્વતીએ દેશમાં વિવિધ સંપ્રદાયોની ટીકા કરતા કહ્યું કે એક તરફ સનાતન ધર્મને બદનામ કરવા અને તેને નુકસાન પહોંચાડવાના પ્રયાસો થઈ રહ્યા છે, જ્યારે બીજી તરફ શાસ્ત્રવિરોધી સંપ્રદાયો ધાર્મિક પ્રદૂષણ ફેલાવી રહ્યા છે અને ધર્મના આડમાં ધર્મ વિરોધીઓ સાથે ભળી ગયા છે. શંકરાચાર્યનો ગુસ્સો સ્વામિનારાયણ સંપ્રદાય પ્રત્યે પણ જાવા મળ્યો છે.
શંકરાચાર્યએ કહ્યું કે આવી વાતો કહેવામાં આવી રહી છે કે હનુમાનજી સ્વામિનારાયણના સેવક છે, સનાતન ધર્મનું નામ બદનામ કરવાનું કામ થઈ રહ્યું છે, દંભનો નાશ થવો જાઈએ. શંકરાચાર્યએ બ્રહ્માકુમારીની માન્યતાઓ પર પ્રહાર કરતા કહ્યું કે બ્રહ્માકુમારી શિવાજી અને શંકરજીને અલગ અલગ ગણાવે છે અને શિવ શબ્દનો અર્થ સમજતી નથી અને પ્રવચનો આપે છે. શંકરાચાર્યએ ગાયત્રી પરિવાર પ્રત્યે પણ નારાજગી વ્યક્ત કરી છે.
ઇસ્કોનના સભ્યો કાવતરું કરી રહ્યા છે અને ધર્મના આડમાં પોતાને હિન્દુ ગણાવી રહ્યા નથી. “ઇસ્કોન સભ્યો પૈસા એકઠા કરે છે અને વિદેશ મોકલે છે. આ ઉપરાંત, તેમણે શિરડી સાંઈ બાબા પર પણ પોતાનો ગુસ્સો ઠાલવ્યો અને કહ્યું કે તેઓ સનાતન ધર્મને પતન તરફ લઈ જવાનો પ્રયાસ કરી રહ્યા છે.
સ્વામિનારાયણ સંપ્રદાય સામે પણ શંકરાચાર્યનો રોષ જાવા મળ્યો હતો. તેમને કહ્યું હતું આજે કહેવાતા સંપ્રદાયો અને સંસ્થાઓ પોતાને પ્રોત્સાહન આપવા માટે બીજાઓને અપમાનિત કરે છે. પરંતુ આવું ન કરવું જાઈએ કારણ કે વ્યક્તિએ પોતાની શ્રદ્ધા અનુસાર ધર્મનું પાલન કરવું જાઈએ અને જે દેવી-દેવતાઓમાં તેઓ માને છે તેમની પૂજા કરવી જાઈએ. આજે ઘણા લોકો ગુરુને ભગવાન માને છે, પરંતુ તમારા ગુરુ પ્રત્યે પણ વફાદારી હોવી જાઈએ. જા તમે ગુરુને ભગવાન માનો છો, તો તમે ગુરુ દ્વારા આપવામાં આવેલા આદેશોનું પાલન કરો છો. ના, તમે ફક્ત ગુરુના નામનો આશ્રય લો છો અને નામમાં તમારું કાર્ય કરો છો અને બતાવવા માંગો છો કે અમે ધાર્મિક છીએ. અને પોતાને ધાર્મિક બતાવીને તમે ફક્ત પૈસા કમાવવા માંગો છો. લોકોએ આવા સ્થાપિત સંપ્રદાયોથી સાવધ રહેવું જાઈએ.