૨૦૦૨ના ગુજરાત રમખાણોના કેસમાં રાજ્યના તત્કાલિન મુખ્ય પ્રધાન નરેન્દ્ર મોદી અને અન્યોની ભૂમિકાને વિશેષ તપાસ ટીમ દ્વારા ક્લીન ચિટને પડકારતી ઝાકિયા જોફરીએ દાખલ કરેલી અરજી પર સુપ્રીમ કોર્ટે ચુકાદો અનામત રાખ્યો હતો. જસ્ટિસ એએમ ખાનવિલકરની આગેવાની હેઠળની બેન્ચે ઝાકિયા જોફરી અને એસઆઈટીની દલીલોને ધ્યાનમાં લીધા બાદ આ મામલે પોતાનો ચુકાદો અનામત રાખ્યો હતો.
હકીકતમાં, સુપ્રીમ કોર્ટ આ મામલામાં અરજીની યોગ્યતા પર નિર્ણય કરશે, કારણ કે અત્યાર સુધી ઝાકિયાની અરજી પર કોર્ટે નોટિસ પણ આપી નથી. જણાવી દઇએ કે ગુજરાત સરકાર વતી ઝાકિયા જોફરીની અરજી પર પ્રશ્નો ઉઠાવવામાં આવ્યા હતા. ગુજરાત સરકાર વતી એવું કહેવામાં આવ્યું હતું કે ઝાકિયાની અરજી દ્વારા કાર્યકર્તા તિસ્તા સેતલવાડ મુદ્દાને ઉછાળવાનો પ્રયાસ કરી રહી છે. ગુજરાત સરકાર તરફથી હાજર રહેલા સોલિસિટર જનરલ તુષાર મહેતાએ કહ્યું હતું કે અરજદાર દ્વારા મોટું ષડયંત્ર છે. સેતલવાડે કેટલાક સાક્ષીઓને વિગતે અભ્યાસ કરાવ્યો અને તેમને નિવેદનો માટે તૈયાર કર્યા.
ગુજરાત સરકારે કાર્યકર્તા તિસ્તા સેતલવાડની એનજીઓ પર પણ પ્રશ્નો ઉઠાવ્યા અને તેના પર નાણાંની ઉચાપતનો આરોપ લગાવ્યો. ગુજરાત સરકારે કહ્યું કે ગરીબોના ખર્ચે વ્યક્તિ કેવી રીતે સુખ માણી શકે? તે એક પુરુષ, એક મહિલાનું ટ્રસ્ટ છે. એસઆઇટી દ્વારા જણાવવામાં આવ્યું હતું કે આ ગુનો ૨૦૦૨થી ચાલી રહ્યો છે. આખી ફરિયાદ અફવા છે અને ઘણા આરોપીઓ મૃત્યુ પામ્યા છે, સાક્ષીઓ ચાલ્યા ગયા છે. તમે ક્યાં સુધી મુદ્દો ઉછાળતા રહેશો અને શા માટે તેઓ ૪.૫ વર્ષ સુધી કંઈ બોલ્યા નહીં?
એસઆઇટી તરફથી હાજર રહેલા વરિષ્ઠ વકીલ મુકુલ રોહતગીએ પણ તત્કાલિન સીએમ નરેન્દ્ર મોદીના ‘એક્શન-રિએક્શર્નના નિવેદન પર સુપ્રીમમાં સ્પષ્ટતા કરી હતી. તેમણે કહ્યું હતું કે મોદીએ કહ્યું હતું કે કોઈ ક્રિયા ન થવી જોઈએ, કોઈ પ્રતિક્રિયા ન હોવી જોઈએ, એટલે કે કોઈ કાર્યવાહી ન થવી જોઈએ અને કોઈ પ્રતિક્રિયા ન હોવી જોઈએ.
ઝાકિયા જોફરી તરફથી હાજર રહેલા વરિષ્ઠ વકીલ કપિલ સિબ્બલે કહ્યું હતું કે જ્યારે એસઆઇટીની વાત આવે છે ત્યારે આરોપીઓ સાથેની મિલીભગતના સ્પષ્ટ પુરાવા છે, રાજકીય વર્ગ પણ સહયોગી બની ગયો છે. એસઆઇટીએ મુખ્ય દસ્તાવેજોની તપાસ કરી ન હતી અને સ્ટિંગ ઓપરેશન ટેપ, મોબાઈલ ફોન જપ્ત કર્યા ન હતા. શું એસઆઇટી કેટલાક લોકોને બચાવી રહી હતી? ફરિયાદ કરવામાં આવી ત્યારે પણ ગુનેગારોના નામ નોંધાયા ન હતા તે રાજ્યના તંત્રનો સહકાર દર્શાવે છે.
૨૦૦૨ના ગુજરાત રમખાણો દરમિયાન ગુલબર્ગ હાઉસિંગ સોસાયટી હત્યાકાંડમાં માર્યા ગયેલા કોંગ્રેસના ધારાસભ્ય એહસાન જોફરીની વિધવા ઝાકિયા જોફરીએ એસઆઇટી રિપોર્ટને પડકારતા સુપ્રીમ કોર્ટની શરણ લીધી છે. ગોધરા હત્યાકાંડ પછી કોમી રમખાણો ભડકાવવા માટે રાજ્યના ઉચ્ચ અધિકારીઓ દ્વારા કોઈ મોટું કાવતરું હોવાની વાતને એસઆઇટી રિપોર્ટમાં નકારી કાઢવામાં આવી છે. ૨૦૧૭ માં, ગુજરાત હાઇકોર્ટે મેજિસ્ટ્રેટ દ્વારા એસઆઇટીના ક્લોઝર રિપોર્ટ સામેની તેની વિરોધ ફરિયાદને બરતરફ કરવા સામે ઝાકિયાની પડકારને ફગાવી દીધી હતી.